O Baixo Sabor possui um valor ecológico único e insubstituível. Nesta área ocorre uma flora e vegetação de características ímpares em Portugal, onde se destacam as particulares comunidades associadas aos leitos de cheias. No vale do Sabor surgem também os mais extensos e bem conservados azinhais e sobreirais de Trás-os-Montes, e a presença de substratos calcários e ultrabásicos permite a ocorrência de um elevado número de endemismos. Esta área apresenta ainda uma elevada diversidade de habitats (20 incluídos na Directiva Habitats, dos quais 3 são considerados de conservação prioritária). A importância desta área é atestada pela qualificação de parte do seu troço na Rede Natura 2000.
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